Sistem pendidikan dan pengajaran Pondok Pesantren Nurul Izzah mengadopsi sistem Tradisional (Salafiyah) dan dikemas dalam tatanan yang modern dan dibawahi oleh naungan Kementrian Agama. Program utama yang dikembangkan adalah kemampuan berbahasa Arab dan Inggris, Tahfidzul Quran, serta Kajian Kitab Kuning. Maka sebagai konsekuensi program tersebut, seluruh santri dan santriwati diwajibkan menggunakan Bahasa Arab dan Bahasa Inggris dalam percakapan mereka sehari-hari, santriwati juga dibekali latihan organisasi dan berbagai keahlian, seperti : bela diri, kajian kitab kuning, kaligrafi, melukis, komputer dan lain sebagainya. Sehingga santri dan santriwati mendapatkan pendidikan yang berorientasi kemasyarakatan yakni menyiapkan mereka kembali dan mengabdi di tengah masyarakat.
